미 해안 경비대는 수상한 배를 보게 되고, 그곳에서 미국의 부호 하딘과 일가족, 배의 승무원 모두 참혹하게 몰살당한 채 발견된다. 하딘은 사실 미국에 마약을 공급하던 콜롬비아의 마약 카르텔과 협조하면서 이들의 돈을 몰래 빼돌려 카르텔에 처형당한 것이었다. 하딘과 막역한 친구였던 미국의 베넷 대통령은 이 사건을 국가에 ‘명확하게 존재하는 위험’이라고 규정하고, 자신의 국가안보 보좌관 커터에게 마약 카르텔을 처리하도록 비밀 작전을 지시한다. 한편, 암 투병 중인 CIA의 그리어 국장을 대신해 잭 라이언이 권한 대행을 맡게 되었는데, 라이언은 상원 감독 위원회의 청문회에 출석하여 의회에 예산을 신청하고, 의회는 군사 장비와 자문은 제공하되 절대로 군대는 파견하지 말라고 한다. 그리하여 어떠한 공개적, 대대적 군사 지원 없이 소수 정예의 특수 요원들로만 구성된 비공개 작전이 실시된다. CIA의 정보원인 클라크가 특수 요원들을 이끌고 작전을 수행하는 동안, CIA의 잭 라이언 역시 하딘이 빼돌린 카르텔의 은닉 자금을 확인하러 콜롬비아로 향한다. 하지만 이들은 시내 한복판에서 불시에 기습을 당하고, 라이언은 동료들을 모두 잃은 채 다시 미국으로 돌아온다. 그리고 사건의 전말을 파헤치면서 생각지도 못했던 배신과 반전에 직면하게 된다.